5. Pagrindiniai Skyriaus uždaviniai yra:
5.1. sumažinti pavojingų ir ypač pavojingų užkrečiamųjų ligų (toliau – užkrečiamosios ligos) įvežimo riziką ir užkirsti kelią jų išplitimui, pagal kompetenciją užtikrinti Tarptautinių sveikatos priežiūros taisyklių (2005 m.) įgyvendinimą, reaguoti į užkrečiamųjų ligų ar įvykių, sukeltų biologinio agento, sąlygotas grėsmes visuomenės sveikatai;
5.2. mažinti užkrečiamųjų ligų naštą visuomenės sveikatai, valdyti užkrečiamųjų ligų epideminį procesą, vykdant užkrečiamųjų ligų epidemiologinę priežiūrą, kontrolę ir profilaktiką.

6. Įgyvendindamas šiuos uždavinius, Skyrius vykdo šias funkcijas:
6.1. seka ir platina Pasaulio sveikatos organizacijos (toliau – PSO), Europos ligų prevencijos ir kontrolės centro (toliau – ELPKC), Lietuvos Respublikos sveikatos apsaugos ministerijos (toliau – SAM), Ekstremalių sveikatai situacijų centro prie Sveikatos apsaugos ministerijos (toliau – ESSC), Užkrečiamųjų ligų ir AIDS centro (toliau – ULAC) informaciją apie užkrečiamųjų ligų, kitų biologinio agento sukeltų įvykių, epidemiologinę situaciją pasaulyje, asmens profilaktikos priemones, vakcinaciją bei vykdo PSO, ELPKC, SAM, ESSC, ULAC nurodymus ir rekomendacijas;6.2. vykdo medicininę – karantininę kontrolę pasienio kontrolės punktuose, kurios metu:
6.2.1. atlieka laivų, kitų transporto priemonių, bagažo, konteinerių, įrenginių, krovinių, prekių ar pašto siuntų apžiūrą, įskaitant svarbių duomenų ir dokumentų įvertinimą, priima sprendimą dėl laisvos praktikos suteikimo;
6.2.2. vykdo Lietuvos Respublikos ir užsienio laivų, plaukiojančių tarptautiniais maršrutais, higieninių sąlygų kontrolę ir išduoda / pratęsia Atleidimo nuo laivo higieninių sąlygų kontrolės pažymėjimus / Laivo higieninių sąlygų kontrolės pažymėjimus;
6.2.3. konsultuoja laivų įgulas ir keleivius, laivų savininkus ir valdytojus, laivus agentuojančius asmenis, keliautojus užkrečiamųjų ligų epidemiologinės situacijos, profilaktikos ir kontrolės klausimais;
6.2.4. įtarus / patvirtinus užkrečiamosios ligos, mirties atvejį, protrūkį, taršą ar kitą biologinės kilmės įvykį, dalyvauja atliekant medicininį ištyrimą, kurio metu atlieka epidemiologinį tyrimą bei paskiria medicininės-karantininės kontrolės priemones ir tikrina jų vykdymą teisės aktų nustatyta tvarka;
6.3. vykdo pasirengimą ir atsaką ekstremalioms visuomenės sveikatai, sąlygotoms užkrečiamųjų ligų, situacijoms (dideli protrūkiai, epidemijos, užkrečiamųjų ligų, kurios gali turėti poveikį visuomenės sveikatai ir greitai išplisti, įvežtiniai atvejai, kiti įvykiai): vertina situacijas pagal Pasaulio sveikatos organizacijos Tarptautinių sveikatos priežiūros taisyklių (2005 m.) nuostatas teisės aktų nustatyta tvarka; organizuoja / dalyvauja organizuojant ekstremalių visuomenės sveikatai, sąlygotų užkrečiamųjų ligų, situacijų valdymo priemones; rengia/ dalyvauja rengime / atnaujina specialius pasirengimo ekstremalioms situacijoms planus; organizuoja ir dalyvauja pratybose;
6.4. vykdo medicinos atsargų kontrolę su Lietuvos valstybės vėliava plaukiojančiuose laivuose, esančiuose Lietuvos Respublikos uostuose, pildo Kontrolinį vaistinių preparatų ir medicinos pagalbos priemonių sąrašą;
6.5. tikrina laivo įgulos medicininius dokumentus ir laivo įgulos sąrašą pažymi spaudu „Išvykti leidžiama“;
6.6. moko ir informuoja visuomenę, asmens ir visuomenės sveikatos priežiūros įstaigų specialistus užkrečiamųjų ligų epidemiologinės situacijos, profilaktikos ir kontrolės klausimais, teikia informaciją žiniasklaidai;
6.7. rengia Skyriaus veiklos planus, veiklos ataskaitas, teikia pasiūlymus Departamento veiklos planų rengimui;
6.8. dalyvauja rengiant teisės aktų projektus, rengia pastabas bei pasiūlymus dėl Departamentui atsiųstų derinti teisės aktų projektų;
6.9. nagrinėja juridinių ir fizinių asmenų prašymus, pranešimus, skundus;
6.10. konsultuoja Departamento teritorinių skyrių darbuotojus bei metodiškai jiems vadovauja;
6.11. konsultuoja ūkio subjektus ir teikia metodinę pagalbą;
6.12. vykdo kitas teisės aktų nustatytas funkcijas ir NVSC direktoriaus ir pavaduotojų, Departamento direktoriaus ir Departamento vyresniojo patarėjo pavedimus.