1. Pagrindiniai Skyriaus uždaviniai yra:

1.1. užtikrinti Centro departamentų Užkrečiamųjų ligų valdymo skyrių ir skyrių rajonuose veiklos vieningą praktiką vykdant užkrečiamųjų ligų epidemiologinę priežiūrą, kontrolę ir profilaktiką;

1.2. užtikrinti Centro departamentų Užkrečiamųjų ligų valdymo skyrių ir skyrių rajonuose veiklos koordinavimą.

2. Įgyvendindamas nustatytus uždavinius, Skyrius vykdo šias funkcijas:

2.1.  koordinuoja užkrečiamųjų ligų epidemiologinės priežiūros vykdymą departamentuose;

2.2. koordinuoja keliose teritorijose išplitusių protrūkių tyrimą ir valdymą, konsultuoja dėl analitinių epidemiologinių tyrimų vykdymo;

2.3. koordinuoja imunoprofilaktikos vykdymą departamentuose;

2.4. koordinuoja hospitalinių infekcijų protrūkių, antimikrobinio atsparumo valdymą departamentuose;

2.5. koordinuoja medicininės-karantininės kontrolės pasienio kontrolės punktuose ir teritorijų bei riboto karantino kontrolės vykdymą;

2.6. konsultuoja departamentų Užkrečiamųjų ligų valdymo skyrius dėl viešojo administravimo funkcijų vykdymo, užtikrina vienodą teisės aktų taikymo praktiką;

2.7. konsultuoja departamentų Užkrečiamųjų ligų valdymo skyrius dėl bendradarbiavimo su kitomis institucijomis, padeda spręsti probleminius klausimus;

2.8. analizuoja ir lygina epidemiologinę situaciją atskirose teritorijose;

2.9. teikia apibendrintus visų departamentų siūlymus, nuomones Sveikatos apsaugos ministerijai dėl teisėkūros iniciatyvų tobulinimo, rengia ir teikia konsoliduotas ataskaitas;

2.10. esant poreikiui, padeda organizuoti bendrą kelių departamentų Užkrečiamųjų ligų valdymo skyrių veiklą;

2.11. rengia Skyriaus veiklos planus, veiklos ataskaitas, teikia siūlymus Centro veiklos planų rengimui;

2.12. pagal kompetenciją vykdo kitas teisės aktų nustatytas funkcijas ir Centro direktoriaus ir pavaduotojų pavedimus.